幽門螺旋桿菌感染可能會引起口臭，但是口臭不一定是由幽門螺旋桿菌引起。口臭有很多原因，包括牙齦病變、牙周病變、口腔黏膜病變等。此外，年輕人分泌功能會紊亂，也會引起口臭，故不能把幽門螺旋桿菌感染和口臭劃等號，也不能反過來推論，都屬於不正確觀點。但是有的患者經幽門螺旋桿菌治療後口臭症狀較輕，後期幽門螺旋桿菌感染不存在，這時檢測幽門螺旋桿菌是陰性，但是又出現口臭。這時不主張抗幽門螺旋桿菌治療，因為幽門螺旋桿菌檢測是陰性，這時口臭不單純是由幽門螺旋桿菌本身引起。