下消化道出血，多半是指小腸和大腸。下消化道出血和上消化道出血會有典型不一樣的症狀。上消化道出血可能有黑便，而下消化道出血顏色以鮮紅為主，出血量有時會較多，出現吐血的幾率較小，即吐咖啡色樣或吐血性的胃內容物的可能性較小，但往往會出現解黑便或者是解少量的黑便和血便。
如果懷疑是消化道出血，患者來了以後首先要查胃鏡，發現上消化道無異常，可能是下消化道問題。則在治療的同時，要進一步做結腸鏡，把上下消化道、結腸觀察清楚。一般一天之內會很快看完，就能明確清楚。如果兩邊都無異常，由於小腸是人體內很大的器官，相對是一個盲區，很難被發現，因此在尋找病因同時要積極治療，要穩住患者的基本生命體徵，使用收縮血管、支持營養的藥物，且必要時還應進行輸血，維持患者基本生命現象。
如果經胃鏡、結腸鏡檢查後發現沒有異常，可考慮小腸出血，在治療的同時，要進行小腸方面的相關檢查。可以先做小腸三維成像，就是CT檢查，觀察小腸裡面有異物。因為小腸內最多見有間質瘤存在，特別是年輕人易好髮間質瘤。所以觀察有無間質瘤、包塊或腫瘤性增生。如果發現是哪那個部位的異常，下一步要考慮手術探查，手術時可把瘤體切除，出血自然會治癒。如果沒有發現異常，這種患者往往考慮有血管畸形，有時候要通過膠囊內鏡等方法來明確和診斷。