自愈即不治而愈，但癲癇大多不會自愈，需要及時治療，通過藥物或手術治療來控制發作。有少部分癲癇可以自愈，比如兒童癲癇綜合徵中，伴中央顳區棘波的兒童良性癲癇，發病率較低，約佔15%-20%；此時可以通過腦電圖檢查明確診斷，藥物容易控制，而且對藥物反應比較敏感，生長發育也不受影響，一般長大以後到青春期，部分停止發作。

對於看似良性的癲癇，有少數為變異性，變異性良性癲癇表現不屬於良性疾病，可以發作頻繁，對藥物治療不敏感，部分伴有認知功能障礙，而且預後不良。因此，對癲癇要積極治療，否則會影響智能發育。