導致兒童癲癇的原因較多，包括結構性、免疫性、遺傳性、代謝性、感染性，還有不明的病因。

對於患兒可以進行頭部磁共振、頭部CT、PET-CT等檢查，從而觀察腦部結構是否異常，明確癲癇灶是否由結構異常導致；遺傳性、代謝性類疾病目前較多，目前由於基因檢測方法的提高、醫學進展，發現兒童癲癇可由遺傳性、代謝性疾病引起，如苯丙酮尿症、甲基丙二酸血癥等；感染性癲癇即存在感染因素；而通過免疫指標檢測可以判斷是否為免疫性癲癇；不明原因的癲癇即通過檢查無法檢查到病因，至少目前病因不明。隨著以後的醫學發展，可能找到致病原。如遺傳、代謝性疾病，目前發現有致病基因，但以後隨著醫學的發展，也可能是由其它原因導致。結構性、遺傳性、代謝性疾病比較多，但現在有越來越多的專家、學者認為免疫性、感染性癲癇越來越多見。