指甲癬在治療之前都需要做真菌的檢查，如果是真菌鏡檢的陽性就可以確診。

但是由於指甲部位真菌隱藏的比較深，而且在淺表部位菌絲比較少，很多時候鏡檢是檢不出來的，就需要真菌的培養檢測，把刮下的皮屑放到培養基裡，待兩週之後，如果有真菌就可以長出真菌菌絲。此時可以口服鹽酸特比萘芬片或者口服伊曲康唑膠囊，2次/天，2粒/次，口服一週之後歇三週，然後再進行下一步的治療。通常指甲部位需要應用3-6個療程左右，外用藥上鹽酸阿莫羅芬搽劑進行塗抹治療。