新生兒癲癇的治療，首先一定要明確新生兒癲癇的病因，根據病因進行病因治療以及對症治療。許多新生兒癲癇的病因，比如低血鈣、低血糖、維生素B缺乏，給予相應的處理，比如給予補充鈣劑、提高血糖、補充維生素B6。消除病因以後常常不需要進行治療癲癇即可停止，一般不需要維持治療。而藥物撤退綜合徵以及家族性的良性新生兒癲癇通常是自限性疾病，癲癇可在數日到數週內自行停止，發作時常用抗癲癇藥物。發作時常用藥物有苯巴比妥，一般的負荷量是15-20mg/kg，維持劑量是3-4mg/kg/d，可以控制大約1/3的癲癇發作，逐步加量至40mg/kg時可以控制絕大多數的癲癇發作。其它的藥物還有靜脈注射苯二氮卓類，比如地西泮、氯硝西泮、咪達唑侖都可以用於急性新生兒的發作。給予上述藥物控制癲癇發作控制以後，一般不需要維持治療，最多2周以後可以直接停掉。