大部分腦炎徹底治癒後，常規不會復發。病毒性腦炎一般為自限性疾病，2周左右症狀可緩解，未見覆發。細菌性腦炎若在醫生正確指導和治療下，足療程完成治療週期以後，體溫和複查腦脊液正常後沒有其它臨床表現，復發概率較低。

但其它特殊類型腦炎，如免疫性腦炎常起病未見發熱，出現精神行為異常及抽搐，甚至睡眠障礙，此類患者治療後有復發風險。