新生兒腦炎有後遺症。兒童腦炎總體病死率約為10%左右，高達50%的患者會經歷一個短期的意識或者活動障礙。20%兒童腦炎會遺留嚴重的後遺症。目前對於腦炎的遠期預後特點了解相對較少，神經及認知後遺症可能被低估了。通常說的小嬰兒，就是新生兒腦炎，將來可能會出現腦積水，合併腦性癱瘓、運動障礙、語言障礙、智力低下、癲癇這些後遺症，所以兒童患上腦炎之後，要定期進行復查、隨訪，神經內科大夫會推薦去神經康復科進行康復評定。要注意觀察患兒的語言、智力運動方面情況，及時預防併發症、後遺症的發生。