脂肪肝引起肝功能異常的病因不同，採取的治療措施不同，具體如下：

1、酒精性脂肪肝引起的肝功能異常，這時患者必須戒酒，然後治療脂肪肝。目前沒有藥物對酒精性脂肪肝有治療作用，除了維生素E有一定的治療效果；

2、對於單純肝功能不全，要改善肝功能指標，藥物較多。

不管是酒精性的還是非酒精性的，如果是單純以肝酶升高為主，可以用甘草酸製劑、水飛薊賓葡甲胺片。對於有脂肪肝引起的黃疸升高，可以用注射用丁二磺酸腺苷蛋氨酸或者熊去氧膽酸片退黃。改善指標相對較簡單，但是真正對病理的影響，即目前非酒精性脂肪肝的藥物較少，多數藥物還沒有進入臨床，比如改善胰島素敏感性的藥物鹽酸吡格列酮片。對於酒精性脂肪肝肝功能不全引起的肝功能損傷、黃疸高，這時需要用激素治療。