人類對於兒童腦腫瘤認識逐步深入，但是腦腫瘤真正原因目前未知。對於不同腦腫瘤，尤其介入基因檢測之後，部分症狀可能逐步顯現。比如基因方面，某個基因突變可能會導致腫瘤發生，基因可能是突變引起，也可能是遺傳引起。

大部分腦腫瘤甚至是先天性腫瘤，到目前為止沒有危險因素，比如成人比較常見的吸菸能夠導致肺腫瘤。但是兒童腦腫瘤目前研究可能還不夠深入，只能在遺傳方面有特性東西現在有所發現。但是大部分腫瘤，比如常見膠質瘤、顱咽管瘤，甚至生殖細胞瘤、髓母細胞瘤類胚胎性腫瘤，原因目前沒有很清楚。只是個別胚胎性腫瘤，對於基因突變，現在檢查有些認識而已。所以人類對於腦腫瘤，尤其兒童腦腫瘤原因依然未知。