嬰兒皰疹性口炎的症狀是在發病的前兩天會有發熱，經常體溫很高，有時能達到40度，然後在口腔粘膜、唇、舌等處會出現許多透明的水泡，數小時之後就會破潰，形成潰瘍，這時候嬰兒由於疼痛會拒乳。

嬰兒的口唇周圍會有紅斑，黃痂或血痂，嬰兒有疼痛和瘙癢感，隨著血痂的脫落而恢復健康，但是仍舊可能會再次感染。飲食要以清淡，易消化為宜，讓患兒多喝水。