兒童腎病綜合徵如果對激素敏感，治療過程順利，一般不會留有後遺症。如果在急性發作期產生嚴重併發症，比如腦栓塞或者腎靜脈栓塞，這些情況就會留有後遺症。如果是腦栓塞，會留下腦梗塞的後遺症。如果急性期引起冠狀動脈栓塞，也會留下心梗的後遺症。

如果病人對激素不敏感，對免疫抑制劑也不敏感，尿蛋白一直得不到控制，最大的後遺症就是慢性腎功能不全。所以如果孩子得腎病綜合徵，一定要引起家長重視，要帶到正規醫院進行正規治療。腎病綜合徵是長期治療階段，需要家長密切配合，儘量要減少併發症的發生。