如果高原反應後後腦勺隱隱作痛，通常可以做如下處理：

第一、最常見的隱痛原因是大腦乏氧，在高原時最容易出現的疾病是乏氧類的疾病，此時因二化碳分壓過高，氧分壓過低，動脈血氧飽和度嚴重不足而導致通氣血流比例失衡，這時應該迅速行氧療治療。在有條件的情況下，可以就近行屏蔽氧或者吸氧氣袋、氧氣瓶進行治療。

第二、最常見的原因還有大腦血管缺血而導致隱痛，通常椎基底動脈和頸內靜脈系統供血不足會引發隱隱作痛的情況。此時可以應用改善腦血管缺血、痙攣的藥物，例如可服用鹽酸氟桂利嗪膠囊、尼莫地平片等進行緩解。

第三、心臟供血不足也會導致後腦的疼痛，此時可以服用補氣益血的藥物，例如丹參、紅花、紅景天等都可以緩解上述症狀。