功能性消化不良較難根治。功能性消化不良的發生原因與很多因素相關，如胃腸可能有動力障礙，可能會有胃排空延遲，內臟神經可能會比較敏感，可能會有幽門螺桿菌感染，通常可能還會合併有焦慮、抑鬱情緒，可能還會有勞累、工作壓力或外部環境等方面的多種因素影響。

所以，功能性消化不良根治比較困難，容易復發。如果患者能夠接受正確治療，並且能夠儘量調整自己的情緒、壓力等環境因素等，功能性消化不良的症狀在相當長的一段時間內可以得到控制。