功能性消化不良的發生與多種因素相關，如患者可能會有胃腸道動力障礙；患者可能會有胃排空延遲；患者可能會有內臟神經敏感性增高，又稱為內臟高敏感；患者可能還合併有幽門螺桿菌感染；患者常常可能還合併有焦慮、抑鬱情緒；另外，可能還會有其它因素如勞累、熬夜、工作壓力特別大等，通常需要靠藥物進行處理。

但如果患者能夠管理好自己的情緒、壓力、外界環境等因素，能夠調整自己的心態，避免過度勞累、熬夜，保持心情愉快，部分功能性消化不良的患者症狀在較長時間內可以得到緩解，或得到很大程度的改善。所以，功能性消化不良除藥物治療以外，患者自身因素也非常重要。