功能性消化不良是一種功能性疾病，發病因素除胃腸動力、幽門螺桿菌感染外，精神心理因素也發揮著極大作用。如果患者能獲得足夠的社會支持，能夠有正確的衛生健康觀念，通過自己有效的調整，大部分患者，特別是功能性消化不良的症狀可以自行緩解。

針對功能性消化不良患者的治療，醫學界也認為重點是在於調整患者的生活方式，給予正確健康教育，對大部分患者有益。如果經過這些基礎的處理仍然沒有好轉，患者需要尋求醫生的幫助，比如使用一些相應的藥物幫助患者減輕或者緩解相應症狀。