功能性消化不良常引發身體不適，而且可能對生活質量造成影響。因長期食慾不振，導致營養不良，可能引起貧血等器質性疾病。另外，患者可產生“恐癌”心理，伴有焦慮、恐懼、精神緊張等精神症狀，進而影響到脾胃功能，甚至導致器質性消化不良。所以功能性消化不良時，除積極治療外，還應從身體和心理雙方面共同調整，疾病可得到有效控制，預後良好。