甲亢的治療包括抗甲狀腺的藥物治療、甲狀腺手術治療以及放射性碘治療三種方法，甲亢合併妊娠多數情況之下采用藥物治療，妊娠早期首選丙硫氧嘧啶進行治療，妊娠中期和妊娠晚期可以選擇甲巰咪唑治療。妊娠合併甲亢很少需要甲狀腺的手術治療，對藥物治療不耐受或者不能控制症狀者，可以考慮手術治療。妊娠早期手術容易流產，妊娠晚期手術可能引起早產，所以妊娠期間進行手術要選擇妊娠中期，相對比較安全，一般採取次全甲狀腺切除手術。

放射性碘治療在妊娠期間屬於禁忌，因為胎兒甲狀腺在妊娠第9-10周可以有濃聚碘的作用。應用放射性碘-131之後可以影響胎兒的甲狀腺發育，可能會造成先天性甲減，所以妊娠期間不能夠行放射性碘治療。妊娠期間多半選擇藥物治療，而且在妊娠晚期多數情況之下可以停止藥物治療，因為甲亢是免疫性疾病，而妊娠是免疫抑制的過程，甲亢在妊娠期間可能會得到緩解，所以甲亢合併妊娠需要請內分泌醫生進行全程指導治療。