不孕不育分為女性和男性不孕不育，不能成功懷孕的稱不孕症，種種原因流產、死胎的稱不育症。女性甲亢常出現月經減少甚至閉經，男性甲亢會出現陽痿、性功能減退的狀況。甲亢還可以影響男子的精子生成，造成無精子症。女性甲亢多發生在育齡，甲亢沒有治癒時孕婦可以造成先兆子癇、充血心衰、甲亢危象、妊娠高血壓、胎盤早剝等，危及胎兒甚至可以造成死胎、早產、先天畸形、宮內生長發育遲緩。妊娠期甲亢還可以引起胎兒或新生兒甲亢。
鑑於這種情況，為孕婦和胎兒的健康、為保證孕婦和胎兒的安全，還是要等到甲亢治癒後再懷孕。如果妊娠期間發現甲亢，並且選擇繼續妊娠，原則上是進行抗甲亢藥物治療，或可以在妊娠中期進行手術治療。所以臨床常有甲亢合併妊娠的患者，由於抗甲亢藥物對胎兒有致畸作用，需要根據情況和醫生共同討論治療方案。孕前如有碘-131治療，需要避孕半年方可妊娠，如果甲亢得到控制，病情穩定，生育功能也隨之恢復，可以懷孕。