中醫認為功能性消化不良跟情緒有關，是脾虛肝鬱的表現，治療以疏肝健脾、理氣、助運為主。西醫認為可以用助消化的藥、胃腸動力藥促進消化，還可以使用消化酶來促進消化道腺體的分泌。如果病人有明顯的情緒問題或已經到了焦慮抑鬱的水平，可以吃抗焦慮和抑鬱的精神類藥物。