對於治療急性骨髓炎的首選藥物是以消炎藥為主，對於急性骨髓炎要足量聯合應用抗生素進行治療，最好取分泌物做細菌培養和藥敏試驗。根據培養檢查結果和藥敏實驗結果，選用有效的抗生素進行控制感染，比如頭孢類的頭孢克肟、喹諾酮類的氧氟沙星。

另外對於骨髓炎比較嚴重的，還需要積極的進行穿刺吸液反覆的沖洗。如果比較嚴重的可能需要徹底的清創，或者截肢手術進行治療。還有就是萬古黴素，萬古黴素對金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、腸球菌有很強的作用，之後就是克林黴素。另外如果懷疑其他的，比如革蘭陰性菌感染可以應用利福平，還可以應用氨基糖苷類的抗生素。