胚胎停育通常發生在早孕期，即懷孕前12周，在晚孕期與中孕期也有出現胚胎停育的可能性，但比例較早孕期偏低。早孕期尤其在胎盤形成的10-12周前，屬於發生胚胎停育較多的時期。

導致胚胎停育常見原因包括染色體異常、內分泌異常、免疫異常，還有感染因素及生殖道的畸形等因素，但對於所有因素多數引起胚胎停育的時間均在早孕期。當女性懷孕10-12周胎盤形成後，整個妊娠相對會比較穩定，雌激素與孕激素的主要生成器官由黃體變為胎盤。因此，當胎盤形成後懷孕會相對更加穩定，出現停育的風險也會更小。