男性精子質量較差與胚胎停育間並無直接因果關係，胚胎停育是指胚胎髮育過程中在某一階段停止發育但未發生自然流產或自然排出的現象。B超檢查發現孕囊不再繼續長大或沒有胎心，導致胚胎停育的原因較為複雜，是母體問題或是胚胎自身問題還需進一步排查。約50%胚胎停育是由於胚胎染色體異常所致，而胚胎染色體一半來自母親一半來自父親，因此一旦發生胚胎停育便需對男女雙方進行檢查。目前認為精子密度、活力、畸形率與女性受孕幾率直接相關，但與胚胎停育無直接關係。

男方因素目前主要集中在染色體異常和精子DNA損傷方面，精子DNA碎片率增加、染色體結構異常、不成熟的染色質和非整倍體增加等均為胚胎停育的高危因素。精子DNA位於細胞核內且為遺傳信息攜帶者，而DNA受損的精子外部形態可能與正常無異，但內部結構與功能已發生改變，即便不影響授精也易導致胚胎發育不良和流產。因此，對於胚胎停育的男方風險因素評估，僅憑精子密度、活力、形態檢測遠遠不足，尤其對於多次發生胚胎停育或複發性流產患者，男方進行染色體及精子DNA碎片檢查尤為必要。