胚胎停育所進行的操作是清宮，人流指對正常妊娠的終止，而胚胎停育不屬於正常妊娠，屬於病理性妊娠，胚胎髮育到一定階段不再發育，稱為胚胎停育，即稽留流產。如果發生稽留流產，通常不能繼續妊娠，需要進行手術操作，即清宮術。但如果是正常妊娠，胚胎髮育良好，如果不想要這個孩子需要做手術操作，稱為人工流產。

清宮術和人流術的操作過程大致相似，多數情況下都需要麻醉，把宮腔內的東西清除出來進行觀察，如果沒有特殊情況就可以回家，在2周後還需要做進一步處理。此外胚胎停育還需要常規建議患者送病理檢查，病理檢查主要是排查有沒有葡萄胎、部分性葡萄胎等異常情況。