懷孕前三個月是胎兒發育的關鍵時期，大部分胚胎停育都發生在懷孕8-12周，因為一般早期流產主要是由胎兒染色體異常所致，屬於自然淘汰，所以大部分流產就發生在孕早期。通常孕早期流產會出現陰道出血、腹痛等表現，且B超提示胎囊或胎兒的發育晚於正常或遠遠低於正常時，有可能會出現胚胎停孕。

胚胎停育實際上屬於稽留流產，就是胚胎停止發育，但並沒有從母體的宮腔內排出，所以在懷孕早期要做B超觀察胎兒的健康狀況、血HCG、孕酮及雌激素水平，避免發生很長時間的胚胎停育而沒有任何表現，出現延誤治療的情況。大部分胚胎停育都是有原因，胚胎停育60%以上的原因是胎兒染色體異常，還有可能是懷孕早期病毒感染所致。