胚胎停育在臨床上沒有治療方法，但可以通過這次的胚胎停育在臨床上積極查找原因，觀察到底是母體因素、胚胎因素，還是其他問題，找到原因以後才能有的放矢地指導下次妊娠。

關於胚胎因素，包括先天異常、染色體疾病，胚胎器官分化問題的影響因素有很多，有營養、理化、環境因素等；母親基礎病的影響如高糖環境、重度貧血等，還有子宮畸形、生殖道畸形、宮頸機能不全；內分泌環境的不合適等問題，還有免疫問題。有超過70%是原因不明確，所以治療是沒有辦法，只能查找原因指導下一次妊娠。