胚胎髮育早期胎停，多考慮為染色體異常。流產發生越早，胚胎染色體異常情況越高。早期流產中染色體異常佔50%以上，中晚期流產中佔30%。胎停的原因包括內分泌失調、黃體功能不足、多囊卵巢綜合徵、高泌乳素血癥；內科疾病如糖尿病、甲狀腺功能異常；生殖器官疾病包括子宮畸形，即單角子宮、雙角子宮、雙子宮、子宮縱隔，還有子宮內膜息肉、子宮黏膜下肌瘤、子宮宮腔粘連、宮腔損傷；男性精液質量不好也是胚胎質量不佳的原因，可導致胎停。

免疫異常往往是兩個方面的原因，即自身免疫異常和同種免疫異常。自身免疫異常即患者體內有抗精子抗體、抗卵巢抗體、抗透明帶抗體產生。另外，同種免疫異常會發生封閉抗體缺乏。感染因素包括細菌感染、支原體和衣原體感染，還有病毒感染即鉅細胞病毒感染和皰疹病毒感染、弓形體感染。