男性染色體不育治療方法如下：

1、克氏綜合徵：主要機理為克氏綜合徵較正常人群多出1條X染色體，首先評估睪丸體積，如果＞4ml，可進行顯微取精手術，進行第三代試管嬰兒，篩查出正常胚胎進行移植；

2、Y染色體微缺失：A段、B段Y染色體微缺失，目前無法治療，只能供精，而C段缺失可通過顯微取精方式，行三代試管嬰兒獲得正常生育。