割包莖比較疼，需要用麻醉的方法止痛。通常新生兒時期割包莖疼痛較輕，因為新生兒的痛覺還沒有發育完全，只需用局麻藥利多卡因塗抹即可進行手術，不需要額外的麻醉。患兒滿月以後都必須要用局部麻醉來鎮痛，對於小嬰兒可能還需要使用靜脈麻醉，目的是使嬰兒進入睡眠狀態。

大齡兒童術後可出現疼痛，與神經發育逐漸完善有關。另外，大齡兒童手術以後，尤其是晚上睡覺時副交感神經興奮，此時陰莖勃起，導致傷口被拉緊，進而出現疼痛。所以割包莖的患兒，通常是年齡越小疼痛越輕。