割包莖常用的麻醉是局部麻醉，在皮下注射麻藥時，可能會出現稍微的疼痛，但在整個割包皮的過程中，麻藥可儘可能地使患者保持無痛狀態，且可以隨時追加麻藥。還有一種適合於年級較小男孩的方式，因為小孩配合能力差，打麻藥時可能會導致孩子較緊張、較恐懼，難以配合，可使用麻醉油膏直接塗抹在包皮上，等待一段時間起效疼痛感覺消失後，便可以進行割包皮操作。

因此一般的包皮手術，大多數患者可以耐受，當然也有特殊的情況，可能患者難以耐受麻醉或者因為身體問題，需要在手術室進行觀察，這時可採用半身麻醉甚至全身麻醉的方式，進行包皮手術。