輸精管結紮術常見併發症是出血和感染，局部出血嚴重可能需清除血腫，也有些感染較嚴重，要局部清除感染組織。少見的一些併發症，也是較嚴重併發症，具體如下：

1、結紮後輸精管局部再通，因為輸精管再通，而出現再次懷孕。這種情況跟多種原因有關，感染可引起輸精管原結紮部位沒問題，但其它部位出現破損，輸精管斷端連接在一起。也可能出現線結脫落，輸精管斷端重新連接，會出現再次懷孕；

2、輸精管精子淤積症，結紮後精子不能排出，淤積在附睪，正常情況下精子被身體吸收，不會產生疼痛，但有部分人因精子淤積在局部，出現持續性疼痛，甚至持續幾十年。處理方法是行顯微鏡下精索去神經手術，大部分病人通過這種方法能解決疼痛。但特別強調，輸精管結紮術後6個月建議戴避孕套進行性生活，因有殘留精子在輸精管道內，未完全排出時會引起懷孕。