子宮內膜異位症病因目前尚未明確，普通人內膜異位症最可能原因為未及時生育或多生孩子，在父母輩年代生產次數較多，則該疾病極少發生，教科書關於該病介紹較少。目前女性生產越來越晚且越來越少，該疾病發病率明顯增加，因此適齡婚育為子宮內膜異位症主要預防手段。

臨床上存在較多機制。最常見機制為月經血迴流。月經血可順陰道流出，也可順輸卵管流至腹腔內，臨床做手術過程中經常可看到。月經後做腹腔鏡手術，可看到盆腔存在月經血，可種植在腹膜處，繼而發展為子宮內膜異位病灶，若種植卵巢部位，最終可生成巧克力囊腫。此外臨床上也存在子宮內膜異位症免疫學說或其它學說，但總體還在研究中。