卵巢囊腫首先需注意是真腫物還是生理性囊腫。因此，發現卵巢囊腫，月經後需進行復查，若症狀較輕微，可半年後進行復查。良性腫物一般3-6個月後複查，若腫物消失即為生理性，無需處理。若腫物持續存在，為真性腫物，可根據B超判斷卵巢腫物類型。

若為畸胎瘤，可存在高回聲部位，且瘤內包含牙齒、毛髮、油脂等。小囊腫可先觀察，若持續增長，建議及時手術。卵巢囊腫主要以腹腔鏡手術為主，建議患者做完手術後再懷孕，但巧克力囊腫患者建議直接懷孕，孕期囊腫可萎縮、變小，懷孕有利於巧克力囊腫治療，一般不需再手術治療。