慢性結腸炎目前還沒有發現根治藥物。醫學上講，不存在根治，一般稱為達到臨床治癒，更科學合理。西醫方面主要使用以腸炎寧為代表抑制腸蠕動藥物、以思密達為代表的保護腸黏膜藥物，以及以雙歧桿菌為代表的益生菌三類藥物。結腸炎屬於慢治病，中醫有其治療優勢。

祖國醫學認為病變部位在腸，與肝、腎、脾、胃密切相關，證型以脾虛溼盛為主，治則以健脾祛溼、理氣止瀉為主。部分科室也根據治療法則，研製出愈腸丸、理氣健中合劑。針對潰瘍性結腸炎，同時還有參黃愈腸液進行保留灌腸，促進創面癒合，效果非常滿意。所以結腸炎在

目前醫學界來講，算是治療比較棘手的疾病，治療比較緩慢，而且易反覆。據不完全統計，該病發病率達到16.5%，而且男女發病均等，所以治療上應該以中西醫結合為主，可以採取多種方法治療，如穴位貼、保留灌腸、口服中藥等多種方法，多管齊下，能夠收到滿意效果。