輕微的慢性結腸炎，通過改善合理飲食，有規律的生活，還有慢跑、運動、游泳、瑜伽改善體質，治療結腸炎。如果中到重度的結腸炎，還要用抗生素，配合增加的腸道益生菌的藥物。還可以採取中醫中藥治療，根據辨證、寒熱夾雜、虛實錯雜，採取健脾消食，清熱利溼的治療方法。臨床使用的烏梅丸、參苓白朮散、木香順氣丸，都是很好的治療慢性結腸炎的藥物。