慢性結腸炎應區別於急性腸炎，並非直接由細菌感染導致，多與免疫功能紊亂、精神因素相關。治療方法如下：

1、5-氨基水楊酸類製劑：如美沙拉嗪、柳氮磺吡啶類藥物；

3、中藥：多采用清熱利溼、健脾驅寒類藥物；

4、益生菌類藥物：可平衡腸道菌群，抑制致病菌數量，起輔助治療作用；

5、糖皮質激素、免疫抑制劑：適用於病情嚴重的結腸炎患者，如潰瘍性結腸炎；

6、抗抑鬱、抗焦慮藥物：適用於伴有嚴重精神抑鬱、壓抑、焦慮的患者。