避孕藥並不是流產的藥物，故避孕藥通常不會導致流產。市面上常見的避孕藥，包括短效口服避孕藥，含有低劑量的雌激素和高效孕激素，以及緊急避孕藥，含有高效孕激素，均不是流產藥物的成分。且雌激素和孕激素，為女性正常身體狀態所需具備的2種激素。

若患者在妊娠期間誤服緊急避孕藥，通常不會中斷已有的妊娠，即不會出現流產的情況，亦不會導致胚胎畸形發生率的增加，即不會導致胎停或胎兒畸形的風險。特別是對於不清楚自身懷孕的情況下口服緊急避孕藥，或服用緊急避孕藥後又懷孕，通常不建議終止妊娠。對於口服短效避孕藥，特別在孕早期誤服短效口服避孕藥，若時間不長，且為較低的劑量，通過既往的研究資料、流行病學以及薈萃分析的資料發現，並不會增加胎兒的畸形，特別是生殖器或其他器官，包括心臟、肢體畸形發生的風險。儘管如此，在使用避孕措施時，應規範使用，特別在使用短效口服避孕藥時，要規律服用，避免漏服的情況。