懷孕40天時流產一般可以流乾淨，此時流產方式有以下幾種：

1、人工流產：採用負壓吸引方式，將吸引器吸頭進入宮腔內，再將妊娠物從宮腔內膜吸出，達到終止妊娠目的。在懷孕40天時進行人工流產，由於胎物較小，也有流產不全的可能性，人工流產前需拿著B超單和醫生溝通，醫生會根據孕囊大小決定採用人工流產或再等待1周進行人工流產，亦或是直接進行藥物流產，基本可流產乾淨；

2、藥物流產：通過口服藥物如米非司酮片和米索前列醇片，幫助胚胎從子宮壁剝脫，達到終止妊娠目的。藥物流產在懷孕49天內均可終止妊娠，但可能有10%的孕婦流不乾淨，稱為藥流不全。

少數人出現流產不全時可通過再次清宮的方式補救，讓體內胎物完全排出體外，解決妊娠殘留。