流產後遺症有近期和遠期，近期常見的有比如手術當天由於手術操作不當或本身子宮體偏軟，會出現子宮穿孔甚至傷及腸管，需要做腸管修補術。部分女性在流產手術之後，出血時間較長，子宮復舊速度較慢。由於出血時間長，血液為良好的培養基，非常適合細菌和病毒的繁殖，可能會造成婦科炎症。婦科炎症上行，則可能會出現陰道炎、宮頸炎、子宮內膜炎、子宮體炎症以及盆腔炎症等，盆腔炎症可能會表現為急性盆腔炎或慢性盆腔炎。

還有部分女性流產手術之後，會出現月經推遲或月經紊亂。少部分女性可能手術後子宮內膜復舊差，會出現後期月經量特別少甚至閉經的情況。做B超或宮腔鏡檢查時，還可能會發現宮腔粘連，需要做粘連分解術，這些均為流產常見的後遺症。