試管嬰兒最容易發生流產的時段通常是懷孕前3個月，一代、二代試管嬰兒是在精子和卵子受精後，挑選形態學評分優質的胚胎進行移植。但形態學評分優質並不代表胚胎染色體正常，而胚胎染色體不正常是懷孕早期流產最重要的原因，一般能佔到早期流產病因的50%-60%，甚至更高。而在懷孕之後，由於並不能確定胚胎染色體正常，所以在懷孕前3個月的流產風險最高。

對於存在著縱隔子宮、單角子宮、子宮腺肌病、宮腔粘連等解剖結構異常的女性而言，孕中期流產的風險也會增加。另外，對於一部分存在著宮頸機能不全的患者，在早期一般不會出現流產，但中期可能會發生流產。如果患者存在免疫系統紊亂，比如抗磷脂綜合徵、系統性紅斑狼瘡、乾燥綜合徵等，沒有在風溼免疫科進行積極的干預，也會導致孕中期的流產風險增加。