流產對於女性較常見的危害，包括精神上的恐懼和身體上的創傷。人流和藥流都有一定痛感，包括無痛人流術後也會有疼痛，造成心理壓力。藥流藥物可能會對肝臟或腎臟產生影響，但肝腎功能正常的女性，可以服用短效藥。

人流術後會有併發症如殘留，可能通過藥物可以排出，而殘留較大時，可能需二次清宮，從而增加手術創傷。部分流產次數較多，或先天性子宮內膜較薄，亦或是修復功能不好的女性，可能出現宮腔粘連的併發症。輕度宮腔粘連可能導致月經量減少，重度宮腔粘連可能對生育能力造成影響，增加懷孕難度，需進行多次手術。部分女性免疫力不佳，出現盆腔炎症上行感染，導致雙側輸卵管堵塞，也可能造成日後不孕。