益生菌對消化性潰瘍的治療基本上無效果。因消化性潰瘍的原因與胃酸相關，是由於各種原因導致的酸分泌增加，從而對胃黏膜造成損害。益生菌的服用不可以改善胃內酸分泌，所以對胃內的潰瘍實際上並無作用。但腸潰瘍，如小腸潰瘍、結腸潰瘍，可能在治療過程中會合並使用益生菌，因腸道潰瘍，病因更為複雜，其中可能和腸道的菌群失調有一定關係，所以通過補充或服用益生菌，對這些潰瘍的治療可能有輔助作用，至少可能會改善病人消化不良的症狀，特別是腹瀉、便秘、腹脹等相關的症狀。所以在有潰瘍的情況下，尤其是腸道潰瘍，可能會合並使用益生菌或服用酸奶，可能也會有好處。但是發生潰瘍，建議到醫院就診。