女性尖銳溼疣因為解剖結構相對比較複雜，治療起來相對稍麻煩，建議患者到專業機構進行治療。少數散發、孤立的皮損可選用藥膏進行塗抹，單純起到去除疣體的作用，但大部分情況下，因為女性生殖器結構比較複雜，還是建議到專業機構進行治療，專業醫生會根據具體情況選擇物理、化學或生物免疫的方法去除疣體，去除疣體後還會建議抹些藥物去清除病毒，最終可能提高一些免疫力，能夠防止復發的問題。

對於女性尖銳溼疣，即使處理掉了尖銳溼疣，疣體不再長了，也一定要檢查陰道和宮頸上是否有高危HPV感染的問題。女性尖銳溼疣可由低危型HPV感染造成也可由高危型HPV感染造成。如果高危型HPV感染，陰道內和宮頸上感染高危型HPV病毒有可能引起癌變。所以不能簡單的只考慮把外面的疣體去掉，一定要注意有沒有宮頸高危HPV感染的問題。