尖銳溼疣潛伏期時可以沒有任何臨床表現和臨床症狀，在臨床期的時候可以表現為在肛周、生殖器及附近出現贅生物，這些贅生物可以單發或多發，也可以融合成片，可以表現為菜花狀、雞冠狀、扁平狀、乳頭狀，可以伴有癢或者沒有自覺症狀，有時有異物感、自覺疼痛，有的伴有性交痛和接觸性出血。皮疹由於脆性增加容易出血，有的尖銳溼疣的皮損過度增生，可以表現為巨大型尖銳溼疣。

尖銳溼疣的亞臨床感染也沒有任何臨床表現，也沒有任何症狀，但是在亞臨床感染的區域做醋酸白試驗表現為陽性，或在亞臨床感染的皮膚和黏膜處做病理檢查有尖銳溼疣的病理表現，做病毒的分子生物學檢查也是陽性。