肛門部位尖銳溼疣複發率高，肛門部位尖銳溼疣治療可以首選光動力療法進行治療，或光動力治療配合液氮冷凍、二氧化碳激光等物理治療進行綜合治療。同樣在治療結束以後，還需要進行密切、按時、規律隨訪，防止疾病復發，一旦發現復發需及時再次復治。

若肛門部位尖銳溼疣的疣體數目較少，體積較小，可以直接選擇光動力進行治療。如果數目較多，疣體較大，可以首先通過液氮冷凍，或二氧化碳激光等物理治療清除疣體，再配合光動力治療，從而能夠有效降低病變複發率。