生殖器衣原體感染，醫學上的全稱是生殖道沙眼衣原體感染。多是由於生殖道感染特定的病原體，即沙眼衣原體所引起的一類性傳播疾病。主要的感染部位對於女性患者是宮頸，如果有肛交也可以感染到直腸。男性患者主要是在尿道，具有肛交史的男性也可以感染在直腸。
目前對於生殖道沙眼衣原體感染主要是口服藥物的治療，國家推薦的指南是使用阿奇黴素進行單劑量的口服療法。經過治療之後，推薦患者3周以後需要進行病原學的判愈，就是要重新檢測是否已經被治癒。如果患者仍然沒有被治癒，可以採用二線的其它藥物的療法，具體的藥物和劑量療程需要諮詢醫生。