生殖道衣原體的感染主要是和淋病以及其它的生殖支原體進行鑑別，對於女性而言，因為沙眼衣原體感染並沒有特別的症狀，所以鑑別主要是進行病原體的檢測。同時進行沙眼衣原體、淋病，甚至是支原體的檢測，可以通過病原學的診斷進行鑑別，然後再進行對症處理。

對於男性的生殖道沙眼衣原體感染，70%的患者其實沒有明顯的臨床症狀，30%左右的患者會出現尿道的漿液性分泌物，或者是伴有尿道刺癢的感覺，為症狀上的區別。但如果和生殖道其它病原菌進行鑑別，主要還是依靠實驗室的檢測結果才能夠進行完全的鑑別。