淋病和非淋菌性尿道炎都可出現尿道不適的感覺，即泌尿生殖系統炎症的症狀。但相對淋病症狀更嚴重，它可出現尿道口紅腫、流膿性分泌物、分泌物較多、尿痛感較明顯的症狀。

在醫院就診進行塗片檢查，可以看到白細胞內外有革蘭氏陰性雙球菌，做PCR檢測可以檢測出淋球菌。非淋菌性尿道炎，即通常所說的支原體、衣原體感染，它的症狀一般相對較輕，表現為尿道口有少量、黏液性分泌物，一般不會看到有明顯的、膿性分泌物。

且尿痛症狀較輕，部分人甚至沒有尿痛的症狀，只感覺尿道口分泌物有所增加，做塗片檢查看不到淋球菌，而做PCR的檢測一般查到的是支原體或者是衣原體。

另外，感染淋病一般在性接觸後，起病時間較短，一般三五天就會發病。非淋菌性尿道炎，在性接觸後，發病時間相對較長，長於一個星期。

通常在臨床上有時不太好絕對區分這兩種感染，並且這兩種感染可能會同時發生。所以臨床上看到尿道口有分泌物，都是同時做淋球菌和支原體、衣原體的檢測，甚至有時在檢測結果未出來之前，也會同時使用治療非淋菌性尿道炎的藥物。