絨毛膜癌治療原則以化療為主，手術和放療為輔，為綜合治療方法。根據患者年齡、妊娠史、HCG高低、腫瘤範圍、轉移部位數目、既往有無治療史、腫瘤分期和預後評估，通常會分為低危組和高危組，制定個體化治療方案。低危組通常行單藥化療，高危組通常選擇聯合化療方案。常用化療藥物包括甲氨蝶呤、放線菌素、環磷酰胺、長春新鹼、氟尿嘧啶、VP16等。

手術作為輔助治療，會在特定情況應用。例如較難控制大出血、腫瘤穿孔等；或出現併發症；多次化療以後仍然存在未能清除的孤立病灶，此時可以應用手術治療。目前較少應用放射治療，僅用於肝、肺、腦等部位出現耐藥病灶的治療。