緊急避孕藥會影響卵巢功能及子宮內膜功能、子宮內膜狀態的藥物，短期內會影響卵巢功能和子宮內膜的狀態，所以不會有長期的影響。真正能夠造成卵巢早衰的原因非常少見，不會因為服用緊急避孕藥而造成卵巢早衰。

卵巢早衰其實是垂體功能的問題，或全身內分泌的改變、未知的原因都可能造成卵巢的早衰。而卵巢早衰可能跟用藥後無法懷孕有關係，但並不是因為應用緊急避孕藥，導致無法懷孕就造成卵巢早衰，而卵巢早衰可能已經發生，但不太清楚，因為吃了緊急避孕藥後造成月經改變而觸發此種反應，經常出現月經不調，最後造成卵巢早衰。過程中間可能避孕藥，僅僅是誘發的因素，而不是因為應用避孕藥，而造成卵巢早衰。卵巢早衰原因較為複雜，屬於身體內分泌的改變，可能與吃緊急避孕藥關係並不是很密切。